Les matières organiques sont présentes de manière naturelle dans les cours d’eau et proviennent de la dégradation des organismes animaux et végétaux des cours d’eau et de ses abords.Elles sont aussi issues des rejets liés aux activités humaines et peuvent être source de pollution pour l’eau au-delà d’un certain seuil.
La matière organique consomme de l’oxygène pour se dégrader. Une forte teneur en carbone organique de l’eau traduit un faible taux d’oxygène et donc de mauvaises conditions pour la vie aquatique. Les poissons et autres espèces présents dans la rivière n’ont ainsi plus assez d’oxygène pour vivre, ce qui peut provoquer des mortalités et dégrader le milieu.